Máte zájem přidat témata dizertací do této kategorie? Napište, prosím, na info@martinvita.eu.

Přehled institucí/pracovišť:

1. lékařská fakulta UK

Studium alternativních intronových promotorů a jejich rolí v pluripotenci a diferenciaci kmenových buněk

Školitel: Ing. Tomáš Vacík, PhD. (tomas.vacik@lf1.cuni.cz)
Ústav biologie a lékařské genetiky, školitel oborové rady biologie a patologie buňky 1. LF UK

Náš současný výzkum je zaměřen na alternativní intronové promotory, které řídí expresi alternativních izoforem chromatin modifikujicích lysin demetyláz. Používáme zejména molekulárně biologické metody a standardní tkáňové kultury a v nejbližší době plánujeme začít pracovat i s kmenovými buňkami. V případě zájmu pošlete email na tomas.vacik@lf1.cuni.cz.

Neuroprognostifikace u pacientů po zástavě oběhu a různých typech reperfuze

Školitel: Doc. MUDr. Jan Bělohlávek, PhD. (jbelo@vfn.cz)
školitel oborové rady Fyziologie a patofyziologie člověka 1. LF UK

Hlavní náplní studia bude hlubší analýza neuroprognostifikačních metod ke stanovení neurologického outcome pacientů po zástavě oběhu se spontánním obnovením oběhu vs. u pacientů léčených ECPR (extrakorporální kardiopulmonální resuscitace) s použitím hypotermické reperfuze. Student se bude podílet na implementaci, provádění a hodnocení EEG u pacientů po zástavě oběhu společně s dalšími neuroprognostifikačními technikami. Bude se dále podílet na zpracování dat a analýze plánovaných i probíhajících výzkumných projektů, a to klinických i experimentálních.

Pro přijetí do studia se předpokládá orientace v problematice, znalost základních prací na uvedená témata (ECPR, TTM, ERC guidelines pro KPR 2015 atd.) a vysoce nadstandardní pracovní nasazení.

Zájemci nechť mne kontaktují na uvedeném emailu.

Zdroj: https://www.lf1.cuni.cz/nabidka-phdstudia-or-fyziologie-a-patofyziologie-cloveka?f=pro-doktorandy

Studium účinků bilirubinu a jeho derivátů ve vztahu k novorozenecké žloutence

Školitel: Mgr. Jana Jašprová, Ph.D. (Jana.Jasprova@vfn.cz)

O pracovišti: Jsme laboratoř pro výzkum onemocnění jater a metabolismu hemu pod Ústavem lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky 1.LF UK. Dlouhodobě se zabýváme studiem účinků bilirubinu a jeho nejrůznějších derivátů jak in vitro, tak in vivo. Spolupracujeme s řadou zahraničních pracovišť, která řeší obdobnou problematiku, včetně americké Stanford School of Medicine. Výsledky našeho výzkumu jsou publikovány v mezinárodních časopisech s vysokými impakt faktory. Naši studenti mají možnost v rámci různých grantových projektů vycestovat na krátkodobé i dlouhodobější studijně-výzkumné pobyty do laboratoří našich spolupracovníků a současně i vycestovat na nejrůznější tematické české i zahraniční konference.

Studium nově objeveného kmenu bakterií Clostridium ve vztahu k redukci žlučových pigmentů

Školitel: Prof. MUDr. Libor Vítek, Ph.D., MBA (vitek@cesnet.cz)

O pracovišti: Jsme laboratoř pro výzkum onemocnění jater a metabolismu hemu pod Ústavem lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky 1.LF UK. Dlouhodobě se zabýváme studiem účinků bilirubinu a jeho nejrůznějších derivátů jak in vitro, tak in vivo. Spolupracujeme s řadou zahraničních pracovišť, která řeší obdobnou problematiku, včetně americké Stanford School of Medicine. Výsledky našeho výzkumu jsou publikovány v mezinárodních časopisech s vysokými impakt faktory. Naši studenti mají možnost v rámci různých grantových projektů vycestovat na krátkodobé i dlouhodobější studijně-výzkumné pobyty do laboratoří našich spolupracovníků a současně i vycestovat na nejrůznější tematické české i zahraniční konference.

Význam miRNA u revmatických onemocnění

Školitel: Prof. MUDr. Ladislav Šenolt, Ph.D. (Revmatologický ústav a 1. LF UK, senolt@revma.cz)

O pracovišti: Hlavním cílem laboratoře je studium problematiky molekulárních a buněčných aspektů poškození kloubního aparátu u revmatoidní artritidy a osteoartrózy. Zaměřujeme se na využití nových biomarkerů s ohledem na jejich využití v klinické praxi, zabýváme se studiem nových cytokinů a epigenetické regulace v průběhu časných fází revmatických onemocnění. V laboratoři se také věnujeme studiu molekulárních aspektů patogeneze některých autoimunitních onemocnění, např. systémové sklerodermie a myozitidy. Spolupracujeme s řadou domácích a zahraničních pracovišť. Naši studenti mají možnost krátkodobých i dlouhodobých studijních pobytů v zahraničních laboratořích, se kterými spolupracujeme, a aktivní účasti na domácích i zahraničních konferencích.

Studium nových cytokinů u zánětlivých revmatických onemocnění

Školitel: Prof. MUDr. Ladislav Šenolt, Ph.D. (Revmatologický ústav a 1. LF UK, senolt@revma.cz)

O pracovišti: Hlavním cílem laboratoře je studium problematiky molekulárních a buněčných aspektů poškození kloubního aparátu u revmatoidní artritidy a osteoartrózy. Zaměřujeme se na využití nových biomarkerů s ohledem na jejich využití v klinické praxi, zabýváme se studiem nových cytokinů a epigenetické regulace v průběhu časných fází revmatických onemocnění. V laboratoři se také věnujeme studiu molekulárních aspektů patogeneze některých autoimunitních onemocnění, např. systémové sklerodermie a myozitidy. Spolupracujeme s řadou domácích a zahraničních pracovišť. Naši studenti mají možnost krátkodobých i dlouhodobých studijních pobytů v zahraničních laboratořích, se kterými spolupracujeme, a aktivní účasti na domácích i zahraničních konferencích.

2. lékařská fakulta UK

Tvorba a charakteristika funkcinalizovaných nánovlaken jako systému pro řízené dodávání léčiv

Na základě diskuse s kandidátem bude téma zúženo a specifikováno.

Školitel: prof. RNDr. Evžen Amler, CSc. (Ústav biofyziky)

Characterization of metabolic processes in leukemic cells affecting  response to current therapy

Školitel: Mgr. Júlia Starková, Ph.D. (Klinika dětské hematologie a onkologie)

Anotace: The project is focused on the metabolic program of leukemic cells. Cancer metabolism is a highly current topic and it is hard to overstress its importance for the understanding of variable sensitivity of patient blasts to therapy, drug efficiency and development of resistance. The main substance – the metabolic effects of which have been subject to our research for quite some time – is the L-asparaginase, a crucial component of the childhood ALL treatment protocol. Currently, it is being introduced into the treatment of adults as well.  Our project utilizes in vitro and in vivo models, genetic engineering, the newest detection methods in metabolomics or measurement of metabolic pathways. The project is pursued in close cooperation with the Academy of Sciences of the Czech Republic as well as with researchers abroad.

Candidate’s profile (requirements): The candidate is expected to possess experience in molecular and cellular biology, as well as motivation, work ethics, independence, intellectual initiative and dedication. Expertise in biochemistry is appreciated. He/She should be advanced in English.

Relevant articles:

  • Starková J, Heřmanová I, Hararová A, Trka J (2017): Altered metabolism of leukemic cells: New therapeutic opportunity. Int Rev Cell Mol Biol; 336 (before proofs)
  • Heřmanová I, Arruabarrena-Aristorena A, Vališ K, Nůsková H, Alberich-Jorda M, Fišer K, Fernández-Ruiz S, Kavan D, Pecinová A, Niso-Santano M, Žaliová M, Novák P, Houštěk J, Mráček T, Kroemer G, Carracedo A, Trka J, Starková J. (2016): Pharmacological inhibition of fatty-acid oxidation synergistically enhances the effect of l-asparaginase in childhood ALL cells.Leukemia;30(1):209-18
  • Hermanova I, Zaliova MK, Trka J, Starkova J. (2012) Low expression of asparagine synthetase in lymphoid blasts precludes its role in sensitivity to L-asparaginase. Exp Hematol.;40(8):657-65.

3. lékařská fakulta UK

Vliv nervové aktivity sítnice na patogenezi experimentální autoimunitní uveoretinitidy

Školitel: PharmDr. Andrea Štofková, Ph.D. (Ústav normální, patologické a klinické fyziologie)

Detail: Vliv nervové aktivity sítnice na patogenezi experimentální autoimunitní uveoretinitidy

Behaviorální a neuroendokrinní důsledky perinatálního stresu u laboratorního potkana

Školitel: MUDr. Klára Bernášková, CSc. (Ústav normální, patologické a klinické fyziologie)

Detail: Behaviorální a neuroendokrinní důsledky perinatálního stresu u laboratorního potkana

Léky a environmentální toxiny ovlivňující mitochondriální funkci

Školitel: MUDr. Jan Trnka, Ph.D., MPhil. (Laboratoř metabolismu a bioenergetiky 3. LF UK)

Detail: Léky a environmentální toxiny ovlivňující mitochondriální funkci

Molekulární biomarkery účinnosti protinádorových léčiv v experimentálních modelech a u pacientů se solidními nádory

Školitel: Mgr. Radka Václavíková Ph.D. (Státní zdravotní ústav/Odd. Toxikogenomiky, CTZB)

Detail: Molekulární biomarkery účinnosti protinádorových léčiv v experimentálních modelech a u pacientů se solidními nádory

Nové fenomény v drogové problematice – nové syntetické drogy, nová rizika

Školitel: PharmDr Magdalena Šustková, CSc (Ústav farmakologie)

Detail: Nové fenomény v drogové problematice – nové syntetické drogy, nová rizika

Bolest u experimentálních modelů: mechanismy a měření

Školitel: Doc. MVDr. Šimon Vaculín, Ph.D. (Ústav normální, patologické a klinické fyziologie)

Detail: Bolest u experimentálních modelů: mechanismy a měření

Epigenetické faktory ovlivňující neurogenezi u laboratorního potkana

Ústav/klinika: Ústav normální, patologické a klinické fyziologie

Školitel: prof. MUDr. Romana Šlamberová, Ph.D.

Detail: Epigenetické faktory ovlivňující neurogenezi u laboratorního potkana

Genetická architektura hyperurikémie a dny

Školitel: Ing. et Mgr. Blanka Stibůrková, Ph.D. (Revmatologický ústav)

Detail: Genetická architektura hyperurikémie a dny

Glukokináza jako příčina vzniku diabetu, familiární hyperglykémie a nádorových onemocnění

Školitel: RNDr. Petr Heneberg, Ph.D. (II. interní klinika)

Detail: Glukokináza jako příčina vzniku diabetu, familiární hyperglykémie a nádorových onemocnění

Léčba srdečního selhání podle dosažené koncentrace natriuretických peptidů u pacientů se stabilním chronickým srdečním selháním ve specializované ambulanci – úloha nových biomarkerů srdeční remodelace a myofibrózy

Školitel: MUDr. Filip Málek, Ph.D. (3. LF UK Praha, 1. interní klinika FNKV + Nemocnice Na Homolce)

Detail: Léčba srdečního selhání podle dosažené koncentrace natriuretických peptidů u pacientů se stabilním chronickým srdečním selháním ve specializované ambulanci – úloha nových biomarkerů srdeční remodelace a myofibrózy

Intervence hlavních rizikových faktorů kardiovaskulárních příhod s využitím dietní intervence, nefarmakologické léčby a moderní farmakoterapie u pacientů s vysokým kardiovaskulárním rizikem

Školitel: MUDr. Filip Málek, Ph.D. (3. LF UK Praha, 1. interní klinika FNKV + Nemocnice Na Homolce)

Detail: Intervence hlavních rizikových faktorů kardiovaskulárních příhod s využitím dietní intervence, nefarmakologické léčby a moderní farmakoterapie u pacientů s vysokým kardiovaskulárním rizikem

Akutní účinky 4 typů diet na AMPK/MAPK signalizaci v periferních mononukleárních buňkách – studie FORD

Školitel: MUDr. Ludmila Brunerová, Ph.D. (II. interní klinika FNKV a 3. LF UK)

Detail: Akutní účinky 4 typů diet na AMPK/MAPK signalizaci v periferních mononukleárních buňkách – studie FORD

Lymfostáze jako modulátor expanze a zánětu tukové tkáně

Školitel: Mgr. Lenka Rossmeislová, Ph.D. (Ústav pro studium obezity a diabetu)

Detail: Lymfostáze jako modulátor expanze a zánětu tukové tkáně

Analýza modulačních účinků neurosteroidních látek na NMDA receptory

Školitel: Prof. MUDr. Ladislav Vyklický, PhD, DrSc. (Fyziologický ústav AV ČR)

Detail: Analýza modulačních účinků neurosteroidních látek na NMDA receptory

Studium epigenetických modifikací

Školitel: Doc. MUDr. Marie Černá, CSc. (Ústav lékařské genetiky)

Detail: Studium epigenetických modifikací

Farmaceutická fakulta UK v Hradci Králové

Téma práce: Deprese v těhotenství; vliv antidepresiv na placentární funkce a vývoj plodu

Dizertační práce bude vypracována formou prezenčního studia (školitel prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D.)

Součástí bude vedle literární rešerše experimentální činnost s využitím moderních technik experimentální farmakologie a to na úrovni in vitro (buněčné modely), in situ/in vivo (zvířecí modely) a ex vivo (lidská placenta).
Tématem práce je sledování možného ovlivnění vývoje placenty a plodu antidepresivy podávanými v průběhu těhotenství. Jedná se o komplexní projekt zahrnující několik dílčích úkolů (např. transport a metabolismus serotoninu a tryptofanu v placentě, transport antidepresiv přes placentu z matky do plodu, vliv chronicky podávaných antidepresiv na placentární funkce a na vývoj plodu).

Pro řešení projektu budou využívány moderní metody experimentální farmakologie a molekulární biologie; součástí je i spolupráce s klinickým pracovištěm ve fakultní nemocnici.

Přihlášku k doktorskému studiu lze podat do 30. dubna 2018

Více informací na: frantisek.staud@faf.cuni.cz
https://portal.faf.cuni.cz/Groups/Experimental-Pharmacology-and-Drug-Interactions/

Lékařská fakulta UP v Olomouci

Ústav imunologie, LF UP nabízí témata disertačních prací (PhD studium s úvazkem):

  1. Molekulární mechanismy slizniční obrany a IgA imunoglobulin
  2. Studium molekulární patogeneze imunokomplexových autoimunitních chorob
  3. Studium glykosylace HIV-1 obalového proteinu Env jako cesta k efektivnímu designu vakcinačního antigenu
  4. Design a testování rekombinantních proteonanoliposomálních vakcín k prevenci virových a bakteriálních infekcí
  5. Sublinguální imunizace jako neinvazivní vakcinace budoucnosti

Školitel: prof. MUDr. Milan Raška, Ph.D.

Předpoklady:

  • ukončené VŠ vzdělání v oboru biologie, mol. biologie, imunologie, medicíny, chemie nebo příbuzné oblasti
  • motivace pro vědeckou činnost
  • znalost práce v laboratoři
  • znalost anglického jazyka
  • výhodou jsou předchozí zkušenosti s imunologickými (ELISA, FACS, kultiv acebuněk in vitro), mikrobiologickými (kultivace) a molekulárně-biologickými technikami (qPCR a sekvenace nové generace)

Nabízíme:

  • zajištěné financování výzkumu včetně úvazku z grantu
  • přátelský pracovní kolektiv
  • moderní prostředí a přístrojové vybavení
  • možnost spolupráce a pobytů na partnerských institucích v zahraničí

Termín pro podání přihlášky: do 14. 5. 2018
Kontakt: milan.raska@upol.cz

CEITEC MU + Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie

Vliv genetických determinantů na průběh a závažnost hereditárního angioedému

Téma: Vliv genetických determinantů na průběh a závažnost hereditárního angioedému

Anotace: Hereditární angioedém (HAE) je geneticky podmíněné onemocnění, jehož projevy mohou být na jedné straně velmi slabé, na straně druhé až život ohrožující. Toto onemocnění je provázeno nadprodukcí bradykininu, který působí proinflamačně a vasodilatačně, což u pacientů s HAE vede ke vzniku otoků na různých částech těla. Ačkoliv je známa hlavní příčina onemocnění, kterou bývá inaktivující mutace v genech SERPING1, nebo F12, není objasněno, které faktory ovlivňují jeho závažnost. V rámci doktorského studia bude studovaná determinace této závažnosti u pacientů na úrovni genomu pomocí masivně paralelního sekvenování (NGS), popřípadě klasického sekvenování. Zároveň budou studovány rozdíly na úrovni transkriptomu u vybraných typů imunitních buněk se zaměřením na expresi genů ovlivňujících metabolismus a signalizaci bradykininu, zánětlivou odpověď a regulaci alternativního sestřihu u SERPING1. To bude zahrnovat práci s kultivovanými imunitními buňkami, popřípadě buněčnými liniemi, (q)RT-PCR, RNAseq a další.

Hledáme: šikovné a motivované studenty s biochemickým nebo molekulárně biologickým zaměřením

Nabízíme:

  • teoretický výzkum s propojením na konkrétní onemocnění a pacienty
  • stabilní zázemí zavedené genetické laboratoře (CKTCH)
  • vědecké prostředí a přístrojové vybavení CEITEC
  • odpovídající finanční ohodnocení

Kontakt:
Své životopisy zasílejte:
doc. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D.: tomfre@cktch.cz
Mgr. Přemysl Souček, Ph.D.: premas.sci@gmail.com

Fyziologický ústav AV ČR

Role hipokampo-prefrontálního spojení v neuropsychiatrických onemocněních

Cíl práce: Objasnit roli hipokampo-prefrontálního spojení v animálních modelech schizofrenie

Metodika: Dočasnou inaktivací hipokampu a prefrontální kůry ověřit, že obě struktury hrají roli v behaviorální flexibilitě (vlastnost, která je u schizofrenie výrazně narušena)

Fokální injekcí agonisty mGlu2/3 do hipokampu a prefrontální kůry ověřit, že snížení korové dráždivosti v modelu dokáže zvrátit deficit v behaviorální flexibilitě

Optogenetickou manipulací ovlivnit aktivitu parvalbuminových (PV+) interneuronů v rámci hipokampo-prefrontálního spojení a sledovat vliv na behaviorální flexibilitu

Pokud vás nabídka zaujala, kontaktujte nás na ales.stuchlik@fgu.cas.cz

Leták: PDF / JPG

Schizofrenie a obsedantně kompulzivní porucha (OCD): Opačné extrémy dysfunkce atraktorových sítí?

Cíl práce: V animálním modelu otestovat hypotézu vzešlou z matematického modelování, která tvrdí, že schizofrenie a OCD jsou opačné extrémy dysfunkce atraktorových vlastností neuronálních sítí

Metodika: Bude použit animální model schizofrenie (akutní aplikace MK-801, antagonisty NMDA receptorů) a OCD (chronická sensitizace quinpirolem, agonistou dopaminových D2/3 receptorů)

U obou modelů bude porovnávána:

Elektrofyziologická aktivita neuronů v hipokampu a předním cingulu v situaci, kdy zvíře bude muset současně používat dvě různé reprezentace prostoru.

Aktivita raných genů Arc a Homer1a (molekulárním zobrazováním metodou catFISH) v situacích, kdy zvíře bude vystaveno dvěma velmi podobným nebo naopak dvěma zcela rozdílným prostředím

Pokud vás nabídka zaujala, kontaktujte nás na ales.stuchlik@fgu.cas.cz

Leták: PDF / JPG

Institut klinické a experimentální medicíny

Genetic variability of BKV in the Czech Republic and its influence on pathogenesis of infection in kidney transplant recipients

Školitel: MUDr. Mariana Wohlfahrtová, Ph.D.

Ústav experimentální medicíny AV ČR

Vývoj nosičů na regeneraci měkkých tkání

Školitel: Mgr. Eva Filová, Ph.D. (2. lékařská fakulta nebo Přírodovědecká fakulta UK v Praze, email: evafil@biomed.cas.cz, tel. 296442387)

O pracovišti: Naše laboratoř tkáňového inženýrství se zabývá regenerací měkkých i tvrdých tkání s využitím různých typů nosičů a jejich testování in vitro a in vivo. Vyvíjíme také systémy s řízeným uvolňováním látek na báze nanovláken.

Anotace: Cílem dizertační práce je vyvinout nanovlákenné i kompozitní materiály pro regeneraci měkkých tkání, např. kýly, kůže s využitím derivátů plasmy, řízeným uvolňováním bioaktivních látek. Je možnost vycestování na stáž na zahraniční pracoviště a prezentování prací na tuzemských i zahraničních konferencích.

Deadline: pro rok 2017 do 30.4.