Molecular Neurobiology

Molekulární neurobiologie

PhD project: Collapsin response mediator proteins in neurodevelopmental disorders Precise regulation of neural development is essential for normal function of the adult nervous system. Defects in neuron migration, branching or growth have been linked to several… Více

Developmental Epileptology

Vývojová epileptologie

PhD Project1: Department of developmental epileptology Department of developmental epileptology is engaged in experimental research on long-term conequences of brain injury or antiepileptic drug exposure at early stages of postnatal development and mechanisms associated with development of… Více

Biomathematics

Biomatematika

PhD project1: Analysis of the long-term alteration of rat brain protein composition by morphine, methadone and opioid receptor agonists; comparison with model cell lines expressing individual subtypes of opioid receptors   Candidate’s profile (requirements): No special requirements;… Více

Protein Structures

Proteinové struktury

PhD Project1: Study of allosteric communication in chimeric two-domain proteins upon binding to TRP channels   PhD Project2: Chimera two-domain proteins containing PDZ3 and their interactions   Research topics: Nowadays, the studies of protein structures move from mapping of… Více

Neurochemistry

Neurochemie

PhD project1: Molecular mechanisms of binding, activation and allosteric modulation of muscarinic acetylcholine receptors

PhD project12  Molecular mechanisms of interaction of muscarinic acetzlcholine receptors with membrane component  Candidate’s profile (requirements… Více

Membrane Transport

Membránový transport

PhD project1: Structure and function of proteins transporting alkali metal cations

The aim of this study is, with the use of molecular biology and biochemistry methods, to characterize aminoacid residues involved in the activity, substrate specificity and tertiary structure of alkali-metal-cation transporters.

PhD project2: Biogenesis and degradation of yeast transport systems

The aim of this study is, with the use of molecular biology and biochemistry methods, to identify and characterize so far inknown proteins involved in the biogenesis, degradation and activity regulation of yeast transport systems.

Functional Morphology

Funkční morfologie

PhD Project:  Modulation of nociceptive signaling at spinal cord level   We are highly interested in different aspects of spinal TRPV1 receptors modulation of nociceptive synaptic transmission at the spinal cord level. This project will be focused on their interaction with other types… Více

Cellular Neurophysiology

Buněčná neurofyziologie

PhD Project1: Early processing of ionotropic glutamate receptors in rat and human neurons   Research Summary:  N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are a subclass of glutamate receptors that play an essential role in mediating excitatory neurotransmission and synaptic… Více

Bioenergetics

Bioenergetika

Research topic: Main focus of our department lies on mitochondria, an organelle which accommodates number of key metabolic pathways and governs the live and death of the cell. A lot of our Research goes into the complexes of oxidative phosphorylation apparatus (OXPHOS), regulation of their… Více

Adipose Tissue Biology

Biologie tukové tkáně

PhD project1: Targeted analysis of metabolic pathways – fluxomics by LC-MS/MS Research topics:            The aim of the project is to develop a methodology to describe changes in metabolic flows in pathophysiological conditions based on… Více

Role hipokampo-prefrontálního spojení v neuropsychiatrických onemocněních

Cíl práce: Objasnit roli hipokampo-prefrontálního spojení v animálních modelech schizofrenie

Metodika:

Dočasnou inaktivací hipokampu a prefrontální kůry ověřit, že obě struktury hrají roli v behaviorální flexibilitě (vlastnost, která je u schizofrenie výrazně narušena)

Fokální injekcí agonisty mGlu2/3 do hipokampu a prefrontální kůry ověřit, že snížení korové dráždivosti v modelu dokáže zvrátit deficit v behaviorální flexibilitě

Optogenetickou manipulací ovlivnit aktivitu parvalbuminových (PV+) interneuronů v rámci hipokampo-prefrontálního spojení a sledovat vliv na behaviorální flexibilitu

Pokud vás nabídka zaujala, kontaktujte nás na ales.stuchlik@fgu.cas.cz

Leták:PDF / JPG

Schizofrenie a obsedantně kompulzivní porucha (OCD): Opačné extrémy dysfunkce atraktorových sítí?

Cíl práce: V animálním modelu otestovat hypotézu vzešlou z matematického modelování, která tvrdí, že schizofrenie a OCD jsou opačné extrémy dysfunkce atraktorových vlastností neuronálních sítí

Metodika:

Bude použit animální model schizofrenie (akutní aplikace MK-801, antagonisty NMDA receptorů) a OCD (chronická sensitizace quinpirolem, agonistou dopaminových D2/3 receptorů)

U obou modelů bude porovnávána:

Elektrofyziologická aktivita neuronů v hipokampu a předním cingulu v situaci, kdy zvíře bude muset současně používat dvě různé reprezentace prostoru.

Aktivita raných genů Arc a Homer1a (molekulárním zobrazováním metodou catFISH) v situacích, kdy zvíře bude vystaveno dvěma velmi podobným nebo naopak dvěma zcela rozdílným prostředím

Pokud vás nabídka zaujala, kontaktujte nás na ales.stuchlik@fgu.cas.cz

Leták:PDF / JPG

CEITEC MU + Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie

Vliv genetických determinantů na průběh a závažnost hereditárního angioedému

Téma: Vliv genetických determinantů na průběh a závažnost hereditárního angioedému

Anotace: Hereditární angioedém (HAE) je geneticky podmíněné onemocnění, jehož projevy mohou být na jedné straně velmi slabé, na straně druhé až život ohrožující. Toto onemocnění je provázeno nadprodukcí bradykininu, který působí proinflamačně a vasodilatačně, což u pacientů s HAE vede ke vzniku otoků na různých částech těla. Ačkoliv je známa hlavní příčina onemocnění, kterou bývá inaktivující mutace v genech SERPING1, nebo F12, není objasněno, které faktory ovlivňují jeho závažnost. V rámci doktorského studia bude studovaná determinace této závažnosti u pacientů na úrovni genomu pomocí masivně paralelního sekvenování (NGS), popřípadě klasického sekvenování. Zároveň budou studovány rozdíly na úrovni transkriptomu u vybraných typů imunitních buněk se zaměřením na expresi genů ovlivňujících metabolismus a signalizaci bradykininu, zánětlivou odpověď a regulaci alternativního sestřihu u SERPING1. To bude zahrnovat práci s kultivovanými imunitními buňkami, popřípadě buněčnými liniemi, (q)RT-PCR, RNAseq a další.

Hledáme: šikovné a motivované studenty s biochemickým nebo molekulárně biologickým zaměřením

Nabízíme:

• teoretický výzkum s propojením na konkrétní onemocnění a pacienty
• stabilní zázemí zavedené genetické laboratoře (CKTCH)
• vědecké prostředí a přístrojové vybavení CEITEC
• odpovídající finanční ohodnocení

Kontakt:
Své životopisy zasílejte:
doc. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D.: tomfre@cktch.cz
Mgr. Přemysl Souček, Ph.D.: premas.sci@gmail.com

CEITEC MU (Mraz lab)

Topic 1)

NON-CODING RNAs (microRNAS/lncRNAS) AND MICROENVIRONMENTAL INTERACTIONS OF MALIGNANT B-CELLS

Supervisor: Assoc. Prof. Marek Mraz, MSc., M.D., Ph.D.

PROJECT: We are looking for a motivated PhD student that would like to work on the following project funded by the ERC (European Research Council) Starting grant. It is now understood that B-cell receptor (BCR) signaling is the key pathway deregulated during the onset of many B cell leukemias and lymphomas. BCR signalling is also considered the most promising target for therapy in B cell malignancies. We have recently revealed for the first time that microRNAs regulate the B-cell receptor signaling which opened a new field of research (Mraz et al., Blood, 2014; Musilova et al…Mraz, Blood, 2018; Mraz and Kipps, 2013, Musilova and Mraz, Leukemia, 2015). We have performed a complex profiling of miRNAs, lncRNAs and mRNAs in the context of the tumor microenvironment interactions that lead to BCR signalling activation. In our preliminary data we have identified several novel miRNAs that likely directly modulate the BCR signalling, and these observations will be further deciphered by the PhD student. The PhD candidate will continue this integrated analysis of coding and non-coding RNAs (miRNAs, lncRNAs) in the regulation of fundamental microenvironmental interactions of B cells (adhesion and BCR signalling). Moreover, we have recently started the first miRNA-based therapeutic trial in leukemias, and the novel miRNAs might be of further therapeutic interest.

WHAT DO WE OFFER:

• modern laboratories, project funded by the prestigious ERC grant = high risk and high gain, state-of-the-art instrument, stable funding, competitive scholarship

• You will work in a team of young investigators that challenge some long standing problems in the field of hematology. We do basic science, but with the objective to help patients in the future (we have access to primary samples with hem. malignancies, and we suggest novel clinical trials).

WHAT WILL YOU LEARN/DO:

• How to think and work independently as a scientist

• Writing of abstracts and papers (and course in grant writing and presentation of data)

• How to present data and will attend conferences to present your research

• You will spend 1-2 months visit(s) in collaborating labs in Europe or US

• Collaboration with experts in wet lab research and bioinformatics

• Novel methods such as Next Generation Sequencing (Illumina) and genome editing (Crispr).

• How to critically analyze scientific data (regular journal clubs)

• Classical methods of molecular biology (e.g. immunoblotting, flow cytometry, qRT-PCR, cell cultures, cloning), and you will use our in vitro models for microenvironmental interactions, and artificial activation/inhibition signalling pathways to decipher the gene regulatory loops.

• You can supervise bachelor and diploma students if interested

WHO ARE WE LOOKING FOR:

• Motivated smart people that have the “drive” to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.

• Candidates should have a master’s degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.

HOW TO APPLY:

• To apply please contact the supervisor and submit a CV by email to: marek.mraz@email.cz (Subject: PhD School).

• Information about the laboratory at: ceitec.cz/mrazlab; The PhD will start approx. Sept 2019

OTHER INFO: The research is funded by ERC grant, and will be conducted at CEITEC MASARYK UNIVERSITY (campus Bohunice). Our laboratory extensively collaborates with the University Hospital Brno in the same campus to obtain primary samples from patients. The campus provides a vibrant, multidisciplinary and highly collaborative scientific environment. The lab is located in Brno, the second-largest city in Czech Republic that has the biggest concentration of biomedical research in the region. Brno is one of the major cultural hubs, with a vibrant and lively atmosphere housing ~60.000 students. The city has a very good public transport and plenty of interesting places to visit within the reach of trains (within small distance of several major cities such as Prague, Vienna, Bratislava, Budapest) and close to international airports.

Topic 2) MIGRATION OF MALIGNANT B CELLS AND THEIR ADAPTIVE RESPONSE TO BCR INHIBITOR THERAPY

Supervisor: Assoc. Prof. Marek Mraz, MSc., M.D., Ph.D.

PROJECT: We are looking for a motivated PhD student that would like to work on the following project funded by the ERC (European Research Council) Starting grant. Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common adult leukemia and it seems that its pathogenesis is not directly driven by a mutation or genomic aberration. We and others have described that CLL cells are dependent on constant re-circulation between peripheral blood and lymph nodes where they obtain pro-survival and pro-proliferative signals. We have a novel model to study the subpopulation of CLL cells that have recently interacted in the lymph node microenvironment. Studying these cells allowed us to describe a novel mechanism of BCR regulation mediated by microenvironmental signals (Pavlasova et al…Mraz, Blood, 2016; Pavlasova et al….Mraz, Leukemia, 2018). Recently, the “BCR inhibitors” such as ibrutinib were approved for CLL therapy, and their mechanism of action largely depends on inhibition of CLL recirculation. However, molecular mechanisms regulating B cell re-circulation and mechanisms leading to resistance and adaptation to BCR signalling inhibitors are unknown (Pavlasova et al..Mraz, Blood, 2016; Cerna et al…Mraz, Leukemia, 2018).The samples collected during the administration of BCR inhibitors (e.g. Ibrutinib, Idelalisib) were already analyzed in the lab for gene expression. This let to the identification of a possibly novel regulator of CLL cells migration to and from lymph node compartment, which also contributes to CLL cells activation and survival. The student will further validate candidate molecules involved in CLL re-circulation, and adaptive mechanisms that leukemic cells utilize to survive therapy.

WHAT DO WE OFFER:

• modern laboratories, project funded by the prestigious ERC grant = high risk and high gain, state-of-the-art instrument, stable funding, competitive scholarship

• You will work in a team of young investigators that challenge some long standing problems in the field of hematology. We do basic science, but with the objective to help patients in the future (we have access to primary samples with hem. malignancies, and we suggest novel clinical trials).

WHAT WILL YOU LEARN/DO:

• How to think and work independently as a scientist

• Writing of abstracts and papers (and course in grant writing and presentation of data)

• How to present data and will attend conferences to present your research

• You will spend 1-2 months visit(s) in collaborating labs in Europe or US

• Collaboration with experts in wet lab research and bioinformatics

• Novel methods such as Next Generation Sequencing (Illumina) and genome editing (Crispr).

• How to critically analyze scientific data (regular journal clubs)

• Classical methods of molecular biology (e.g. immunoblotting, flow cytometry, qRT-PCR, cell cultures, cloning), and you will use our in vitro models for microenvironmental interactions, and artificial activation/inhibition signalling pathways to decipher the gene regulatory loops.

• You can supervise bachelor and diploma students if interested

WHO ARE WE LOOKING FOR:

• Motivated smart people that have the “drive” to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.

• Candidates should have a master’s degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.

HOW TO APPLY:

• To apply please contact the supervisor and submit a CV by email to: marek.mraz@email.cz (Subject: PhD School).

• Information about the laboratory at: ceitec.cz/mrazlab; The PhD will start approx. Sept 2019

OTHER INFO: The research is funded by ERC grant, and will be conducted at CEITEC MASARYK UNIVERSITY (campus Bohunice). Our laboratory extensively collaborates with the University Hospital Brno in the same campus to obtain primary samples from patients. The campus provides a vibrant, multidisciplinary and highly collaborative scientific environment. The lab is located in Brno, the second-largest city in Czech Republic that has the biggest concentration of biomedical research in the region. Brno is one of the major cultural hubs, with a vibrant and lively atmosphere housing ~60.000 students. The city has a very good public transport and plenty of interesting places to visit within the reach of trains (within small distance of several major cities such as Prague, Vienna, Bratislava, Budapest) and close to international airports.

Topic 3)

LONG NON-CODING RNAs (lncRNAs) IN THE PATHOGENESIS OF B CELL LYMPHOMAS

Supervisor: Assoc. Prof. Marek Mraz, MSc., M.D., Ph.D.

PROJECT: We are looking for a motivated PhD student that would like to work on the following project funded by the ERC (European Research Council) Starting grant. Follicular lymphoma (FL) is a type of blood cancer which originates from B-lymphocytes, and it is the most common type of indolent non-Hodgkin lymphoma. The clinical course of FL patients can be surprisingly variable (survival from months to decades) and FL still remains incurable. The course of the disease is characterized by repeated relapses leading to the evolution of resistant disease or to the high-grade transformation to a more aggressive diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). This is associated with remarkably poor prognosis and high risk of early death.

Number of studies showed that multiple genetic lesions are associated with FL transformation (tFL), however, precise molecular mechanisms underlying this process is largely unclear. Importantly, the role of long non-coding RNAs in this process is completely unknown. However, we have recently described the role of short-noncoding miRNAs roles in transformed FL (Musilova et al…Mraz, Blood, 2018). The aim of the project is to reveal the molecular mechanisms involving lncRNAs and/or miRNAs responsible for FL transformation. The primary samples collected before and after high-grade transformation will be analyzed on the level of protein-coding as well as non-coding genes (NGS with Illumina, preliminary data available). This will be followed by searching for function of tFL-associated lncRNAs. This will help to better understand the disease biology and possibly to identify novel molecular targets that could be used therapeutically.

WHAT DO WE OFFER:

• modern laboratories, project funded by the prestigious ERC grant = high risk and high gain, state-of-the-art instrument, stable funding, competitive scholarship

• You will work in a team of young investigators that challenge some long standing problems in the field of hematology. We do basic science, but with the objective to help patients in the future (we have access to primary samples with hem. malignancies, and we suggest novel clinical trials).

WHAT WILL YOU LEARN/DO:

• How to think and work independently as a scientist

• Writing of abstracts and papers (and course in grant writing and presentation of data)

• How to present data and will attend conferences to present your research

• You will spend 1-2 months visit(s) in collaborating labs in Europe or US

• Collaboration with experts in wet lab research and bioinformatics

• Novel methods such as Next Generation Sequencing (Illumina) and genome editing (Crispr).

• How to critically analyze scientific data (regular journal clubs)

• Classical methods of molecular biology (e.g. immunoblotting, flow cytometry, qRT-PCR, cell cultures, cloning), and you will use our in vitro models for microenvironmental interactions, and artificial activation/inhibition signalling pathways to decipher the gene regulatory loops.

• You can supervise bachelor and diploma students if interested

WHO ARE WE LOOKING FOR:

• Motivated smart people that have the “drive” to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.

• Candidates should have a master’s degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.

HOW TO APPLY:

• To apply please contact the supervisor and submit a CV by email to: marek.mraz@email.cz (Subject: PhD School).

• Information about the laboratory at: ceitec.cz/mrazlab; The PhD will start approx. Sept 2019

OTHER INFO: The research is funded by ERC grant, and will be conducted at CEITEC MASARYK UNIVERSITY (campus Bohunice). Our laboratory extensively collaborates with the University Hospital Brno in the same campus to obtain primary samples from patients. The campus provides a vibrant, multidisciplinary and highly collaborative scientific environment. The lab is located in Brno, the second-largest city in Czech Republic that has the biggest concentration of biomedical research in the region. Brno is one of the major cultural hubs, with a vibrant and lively atmosphere housing ~60.000 students. The city has a very good public transport and plenty of interesting places to visit within the reach of trains (within small distance of several major cities such as Prague, Vienna, Bratislava, Budapest) and close to international airports.

Topic 4)

REGULATION OF BCR SIGNALLING BY DNA DAMAGE RESPONSE AND P53 PROTEIN

Supervisor: Assoc. Prof. Marek Mraz, MSc., M.D., Ph.D.

PROJECT: We are looking for a motivated PhD student that would like to work on the following project funded by the ERC (European Research Council) Starting grant. The variable clinical course of several B cell malignancies largely depends on p53 functionality and B-cell receptor (BCR) signalling propensity; however, it is unclear if there is any crosstalk between these pathways. We showed for the first time that there is a connection between p53 pathway and regulation of BCR signalling (Cerna et al…Mraz, Leukemia, 2018). We described that DNA damage response (DDR) activation leads to down-modulating the transcriptional factor FOXP1, which functions as a positive BCR signalling. It seems that the low FOXP1 levels limit BCR signalling partially via allowing for upregulation of a CD22 cell-surface, whose intracellular part serves as a docking site for phosphatases that limit BCR activation on the cell membrane. The student will further explore the connection between DNA damage response and the BCR signalling regulation. Additionally, the p53 aberration could also affect the basal levels of CD22/phosphatases, and thus contribute to the “tonic” BCR signalling, and general aggressiveness of the B cells. In vitro studies using Crispr technology and inducible shRNAs for p53 will be conducted. Additionally, we have collected over 100 samples obtained during the administration of chemo-immuno therapy in B-cell chronic lymphocytic leukaemia (CLL) patients, and these can be used to validate the in vitro observations.

WHAT DO WE OFFER:

• modern laboratories, project funded by the prestigious ERC grant = high risk and high gain, state-of-the-art instrument, stable funding, competitive scholarship

• You will work in a team of young investigators that challenge some long standing problems in the field of hematology. We do basic science, but with the objective to help patients in the future (we have access to primary samples with hem. malignancies, and we suggest novel clinical trials).

WHAT WILL YOU LEARN/DO:

• How to think and work independently as a scientist

• Writing of abstracts and papers (and course in grant writing and presentation of data)

• How to present data and will attend conferences to present your research

• You will spend 1-2 months visit(s) in collaborating labs in Europe or US

• Collaboration with experts in wet lab research and bioinformatics

• Novel methods such as Next Generation Sequencing (Illumina) and genome editing (Crispr).

• How to critically analyze scientific data (regular journal clubs)

• Classical methods of molecular biology (e.g. immunoblotting, flow cytometry, qRT-PCR, cell cultures, cloning), and you will use our in vitro models for microenvironmental interactions, and artificial activation/inhibition signalling pathways to decipher the gene regulatory loops.

• You can supervise bachelor and diploma students if interested

WHO ARE WE LOOKING FOR:

• Motivated smart people that have the “drive” to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.

• Candidates should have a master’s degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.

HOW TO APPLY:

• To apply please contact the supervisor and submit a CV by email to: marek.mraz@email.cz (Subject: PhD School).

• Information about the laboratory at: ceitec.cz/mrazlab; The PhD will start approx. Sept 2019

OTHER INFO: The research is funded by ERC grant, and will be conducted at CEITEC MASARYK UNIVERSITY (campus Bohunice). Our laboratory extensively collaborates with the University Hospital Brno in the same campus to obtain primary samples from patients. The campus provides a vibrant, multidisciplinary and highly collaborative scientific environment. The lab is located in Brno, the second-largest city in Czech Republic that has the biggest concentration of biomedical research in the region. Brno is one of the major cultural hubs, with a vibrant and lively atmosphere housing ~60.000 students. The city has a very good public transport and plenty of interesting places to visit within the reach of trains (within small distance of several major cities such as Prague, Vienna, Bratislava, Budapest) and close to international airports.

Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Téma: Mechanismy ovlivnění střevního zánětu a kolorektálního karcinomu mikroby a dietou.

Školitel: MUDr. Miloslav Kverka, Ph.D.

Cíl práce: Cílem práce je studium vztahů a interakcí mezi dietou, střevní mikrobiotou a slizničním imunitním systémem a jejich vliv na rozvoj střevního zánětu a nádoru v experimentálním zvířecím modelu.

Leták:PDF

Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií VUT

Bioinformatická analýza genové exprese u kardiomyopatie

Školitel: prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D.

Anotace: Kardiomyopatie je častou příčinou selhání srdce a srdečních transplantaci. Tato studie má za cíl prozkoumat potenciální geny související s kardiomyopatií a dále zkoumat jejich základní regulační mechanismus za použití bioinformatiky. Budou použity profily genové exprese získané z Gene Expression Omnibus databáze. Diferenciálně exprimované geny budou vyhledávány porovnáním normálních a s kardiomyopatií souvisejících vzorků s využitím nových metod bioinformatiky. Dále budou predikovány potenciální transkripční faktory a microRNA těchto genů souvisejících s kardiomyopatií na základě jejich vazebných sekvencí. Kromě toho budou geny související s kardiomyopatií použity k nalezení malých molekul jako potenciálních terapeutických léčiv pro kardiomyopatii.

Tracking transplantovaných buněk – metody značení a detekce buněk

Školitel: prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D.

Anotace: Dizertační práce se zabývá výzkumem metod značení a detekce buněk, které se využívají v rutinní nebo experimentální transplantaci (mesenchymální stromální buňka, dendritické buňky, hematopoietické buńky, chondroblasty). Trendem posledních let je označit buňky více nezávislými značkami nebo integrovanými multimodálními značkami včetně nanočástic. Práce shrnuje současné poznatky a srovnává jak různé značky vykazují možnosti kombinace, dlouhodobé detekovatelnosti, stability v buňce, biokompatibility s buňkou a kvantifikovatelnosti množiny buněk v jednotkovém objemu tkáně. Práce testuje možnost značení buněk různými komerčními a experimentálními značkami, jejich biokompatibilitu a následnou možnost detekce značených buněk a detekční limity buněk jak v idealizovaných in-vitro podmínkách, tak v modelu reálné tkáně i v samotné reálné tkáni. Výsledky budou využity v aktuálně řešených projektech zabývajích se vpravením DNA plasmidu do buňky s využitím magnetických nanočástic, monitoringu adherentních regenerativních buněk a sledování jejich migrace ve tkáni a studiem monovrstev endotelových buněk pro vytváření umělých cév.

Institut klinické a experimentální medicíny

Téma diplomové práce I.

Název: Příprava fantomu pro měření teploty při použití 31P povrchové cívky

Účel: Měření in vivo 31P MR spekter člověka se provádí nejčastěji s povrchovými cívkami. Nová konstrukce cívky potřebuje kromě matematického modelování provést měření teploty v magnetu pomocí fantomu, který modeluje lidské orgány.

Princip experimentu: Nalézt a případně syntetizovat takové sloučeniny, které umožní zjistit teplotu z rozdílů chemických posunů nebo pološířek signálů.

Požadavky na fantom: Použité chemikálie musí být nejedovaté a dostupné v dostatečném množství, vlastní fantom musí mít objem kolem 10l a musí umožňovat i další nezávislé měření teploty.

Experimentální MR vybavení pro testování: 3T celotělový tomograf Siemens TRIO, experimentální 4.7T experimentální spektrometr Bruker Biospec

Postup prací: a) literární rešerše; b) zvládnutí základních postupů měření na 3T tomografu; c) příprava roztoků vhodných sloučenin pro měření teploty; d) konstrukce fantomu; e) kalibrace a ověření měření teploty

Pracoviště: Oddělení experimentální MR spektroskopie a MR zobrazování, ZRIR IKEM, Vídeňská 1821, 140 00 Praha 4

Informace: Ing. Milan Hájek, DrSc., miha@medicon.cz

Téma diplomové práce II.

Název: Příprava fantomu pro měření teploty při použití 1H povrchové nebo objemové cívky

Účel: Měření in vivo 1H MR spekter člověka s povrchovými nebo objemovými cívkami. Nová konstrukce cívky potřebuje kromě matematického modelování provést měření teploty v magnetu pomocí fantomu, který modeluje lidské orgány.

Princip experimentu: Nalézt a případně syntetizovat takové sloučeniny, které umožní zjistit teplotu z rozdílů chemických posunů nebo pološířek signálů.

Požadavky na fantom: Použité chemikálie musí být nejedovaté a dostupné v dostatečném množství, vlastní fantom musí mít objem kolem 10l a musí umožňovat i další nezávislé měření teploty.

Experimentální MR vybavení pro testování: 3T celotělový tomograf Siemens TRIO, experimentální 4.7T experimentální spektrometr Bruker Biospec

Postup prací: a) literární rešerše; b) zvládnutí základních postupů měření na 3T tomografu; c) příprava roztoků vhodných sloučenin pro měření teploty; d) konstrukce fantomu; e) kalibrace a ověření měření teploty

Pracoviště: Oddělení experimentální MR spektroskopie a MR zobrazování, ZRIR IKEM, Vídeňská 1821, 140 00 Praha 4

Informace: Ing. Milan Hájek, DrSc., miha@medicon.cz

Téma diplomové práce III:

Název: Segmentace MR obrazu

Pro kvantitativní vyhodnocení MR obrazu je potřeba vybrat oblasti zájmu, které budou použity pro další zpracování. Výběr oblasti se provádí tzv. segmentací. Segmentovat obrazy lze manuálně nebo automaticky. Manuální segmentace bývá nejpřesnější technikou, ale je velmi časově náročná a vnáší do vyhodnocení subjektivní faktor. Automatická segmentace šetří čas zvláště při vyhodnocování velkých pacientských souborů, ale je náročná na nalezení optimálního a spolehlivého algoritmu pro konkrétní orgán či anatomickou strukturu při daném typu obrazu a jeho vážení.

Účel: Cílem práce by mělo být prozkoumání existujících automatických algoritmů pro segmentaci MR obrazu a jejich implementace do stávajícího vyhodnocovacího softwaru. Nedílnou součástí práce by mělo být i manuální vyhodnocení klinicky hodnotných dat a následné srovnání s automatickým algoritmem.

Cíle a úkoly při řešení diplomové práce:

1. seznámení se s principem MR rezonance a vlastností různých typů MR obrazů;

2. literární rešerše existujících algoritmů pro segmentaci;

3. zvládnutí základní obsluhy MR tomografu a exportu dat;

4. programování v Matlabu;

5. manuální segmentace obrazu (např. jater pro určení steatózy v jejich celém objemu, segmentace abdominální krajiny pro výpočet objemu viscerální a subkutánního tuku atd…)

6. testování algoritmů segmentace v programech, jež jsou používány na oddělení klinické a experimentální MR spektroskopie IKEM

7. porovnání výsledků manuální a automatické segmentace

Pracoviště: Oddělení experimentální MR spektroskopie a MR zobrazování, ZRIR IKEM, Vídeňská 1821, 140 00 Praha 4

Téma diplomové práce IV.

Název: Porovnání programů pro zpracování MR spekter in vivo

Účel a cíl práce: Pro vyhodnocení MR spekter in vivo je k dispozici řada programů. Porovnání jejich využitelnosti v klinické praxi z různých hledisek. Navržení optimálního postupu vyhodnocení spekter in vivo v konkrétních podmínkách.

Princip experimentu: Nalézt a porovnat klady a zápory, přesnost výpočtu, jednoduchost, rychlost, objektivnost, dostupnost…

MR vybavení pro testování: 3T celotělový tomograf Siemens TRIO, 1.5T celotělový tomograf Siemens Avanto Fit, 4.7T experimentální spektrometr Bruker Biospec

Testované programy: LCModel, jMRUI, Tarquin, Mestrec, SyngoVia, konzola Siemens…

Postup prací: a) literární rešerše; b) zvládnutí základních postupů měření na 3T tomografu; c) zvládnutí jednotlivých programů pro vyhodnocení spekter; d) porovnání výsledků programů na stejné skupině spekter z fantomu, zdravých dobrovolníků a vybraných skupin pacientů

Modifikace: SVS, CSI (jSIPRO), 31P sekvence

Pracoviště: Oddělení výpočetní tomografie, magnetické rezonance a klinické a experimentální spektroskopie, ZRIR IKEM, Vídeňská 1958/9, 140 21 Praha 4

Informace: Ing. Milan Hájek, DrSc., miha@medicon.cz

Téma diplomové práce V.

Název: Příprava fantomu pro quality control a standardizaci 31P MR spekter měřených povrchovou cívkou

Modifikace: dostupné izotopy

Účel: Opakovaná vyšetření vyžadují stejné měřicí podmínky. Povrchové cívky vytvářejí nehomogenní rozložení měřených signálů.

Cíl práce: Připravit stabilní fantom(y) o známé koncentraci a pH, určit T1 a T2 relaxační časy. Určit umístění na cívce, které by nejlépe vyhovovalo podmínkám in vivo a mohlo sloužit jako standard pro kvantifikaci 31P MR spekter

Požadavky na fantom: Použité chemikálie musí být nejedovaté a dostupné v dostatečném množství. Musí být zaručena stabilita roztoku po dobu několika let. Velikost a koncentrace musí být optimalizované pro velikost a vyzařovací profil povrchové cívky.

Experimentální MR vybavení pro testování: 3T celotělový tomograf Siemens TRIO

Postup prací: a) literární rešerše; b) zvládnutí základních postupů 31P měření na 3T tomografu; c) příprava vhodných roztoků pro 31P MR spektroskopii; d) konstrukce fantomu a navržení umístění na povrchové cívce; e) naměření T1, T2 relaxačních časů a dalších parametrů fantomu; f) vyšetření skupiny kontrol a kalibrace in vivo signálů použitým fantomem

Pracoviště: Oddělení výpočetní tomografie, magnetické rezonance a klinické a experimentální spektroskopie, ZRIR IKEM, Vídeňská 1958/9, 140 21 Praha 4

Informace: Ing. Milan Hájek, DrSc., miha@medicon.cz

Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

Role of CPEB protein in the female fertility
Why KO females for CPEB gene are sub-fertile?

Další info: v přiloženém PDF