Přehled

Současné bioinformatické přístupy umožňují efektivní analýzu nukleových kyselin pro studium přítomnosti lokálních struktur v kompletních genomech. Zejména přítomnost inverzních repetic a sekvencí tvořících G-kvadruplexy se ukazuje jako důležitý regulační aspekt v základních biologických procesech včetně regulace transkripce. V rámci tohot tématu budou využity bioinformatické přístupy k nalezení sekvencí nutných k tvorbě těchto lokálních struktur a tyto sekvence budou dále charakterizovány pomocí biofyzikálních metod, zda a za jakých podmínek se v nich vytváří lokální struktury. Pomocí CD spektroskopie, fluorescenčních a mikroskopických metod bude studováno formátování, stabilita a lokalizace těchto struktur. Předpokládá se spolupráce se zahraničním pracovištěm.

Current bioinformatics approaches allow efficient nucleic acid analysis to study the presence of local structures in complete genomes. In particular, the presence of inverted repeats and G-quadruplex forming sequences has emerged as an important regulatory aspect in fundamental biological processes including transcription regulation. This topic will use bioinformatic approaches to identify the sequences required for the formation of these local structures and further characterize these sequences using biophysical methods to determine whether and under what conditions local structures are formed. The formatting, stability and localization of these structures will be studied using CD spectroscopy, fluorescence and microscopy methods. Collaboration with a foreign institute is anticipated.

Název programu: Biofyzikální chemie
Školitel: prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Termín podání přihlášek: 30. 4. 2024
Přihláška: https://www.fch.vut.cz/uchazeci/prijimacky/d
Případné informace o studiu podá: Sýkorová Alena sykorova@fch.vut.cz, +420 54114 9346