Přehled

Ředitel VŠ ústavu IT4Innovations Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava vypisuje výběrové řízení k obsazení místa na pozici Researcher pro výzkumný program „BioimageInformatics na HPC“ projekty „IT4Innovations národní superpočítačové centrum – cesta k exascale“.

Exploze mikroskopických metod v biomedicínském výzkumu vyžaduje počítačové zpracování velkých obrazových dat. IT4Innovations začíná nový projekt ve spolupráci s týmem Dr. Pavla Tomančáka z Max Planck Institutu pro Molekulární Buněčnou Biologii a Genetiku (MPI-CBG) v Drážďanech směřující k systematickému využití HPC infrastruktury pro zpracování časosběrných mikroskopických akvizicí živých biologických systémů v datových objemech řádu terabytů. Tento nový výzkumný směr na IT4Innovations bude založen na open source platformě Fiji, která má v oblasti biologického a biomedicínského výzkumu desetitisíce uživatelů po celém světě. Řešit se budou hraniční problémy na pomezí biologie a počítačové vědy, za pomocí nejmodernějších nástrojů softwarového inženýrství a HPC infrastruktury, která umožní zpracování a analýzu nebývale velkých biologických obrazových dat a nové vhledy do fungování živých systémů na základě analýzy těchto světově unikátních mikroskopických pozorování.

Náplň pracovní činnosti:

  • práce v mezinárodním týmu zabývajícím se vývojem, implementací a testováním algoritmů pro zpracování obrazu optimálně využívajících moderní výpočetní systémy,
  • práce související s výzkumem v oblasti zpracování a analýzy biologických obrazových dat,
  • profilování a optimalizace algoritmů pro zpracování velkých objemů dat,
  • zapojení do národních i mezinárodních výzkumných projektů,
  • spolupráce na přípravě publikací v oblasti počítačových věd a/nebo biologie.

Očekáváme:

  • vysokoškolské vzdělání v oblasti IT, min. požadovaný stupeň Ing.,
  • znalost programovacích jazyků a technologií (zkušenosti s jazykem Java jsou výhodou),
  • zkušenosti z oblasti „computer vision“ a zpracování biologických obrazů jsou výhodou,
  • zkušenosti s Linuxovými operačními systémy,
  • schopnost samostatně analyzovat komplexní problémy související s výpočetní infrastrukturou, navrhovat, plánovat a implementovat inovativní řešení,
  • ochota dále se vzdělávat, především mezioborově, s důrazem na aplikační doménu biologického základního a aplikovaného výzkumu,
  • motivace cestovat za účelem interakcí s mezinárodním týmem kolem platformy Fiji,
  • znalost anglického jazyka.

Pokračování ve zdrojovém dokumentu: http://www.it4i.cz/wp-content/uploads/2017/07/IT4I-VR-Researcher-JM.pdf

Zdroj: http://www.it4i.cz/wp-content/uploads/2017/07/IT4I-VR-Researcher-JM.pdf